豆粑粑 ubuntu 16.04 安装gromacs-5.0.6 fftw
本帖最后由 meatball1982 于 2016-8-16 20:38 编辑人官网下载gromacs-5.0.6的压缩包。
解压，
里面有个INSTALL文件。告诉你应该如何安装。于是，我就是被这个文件勾引了。
有几个文件。现在是下载不了。至少在今天
2016年 08月 16日 星期二 20:03:51 CST
是下载不了的。
regressiontests-5.0.6.tar.gz
这是一个测试的文件。扔在baidu 网盘中。https://pan.baidu.com/s/1kUWY4oJ
65im
还需要fftw3
用sudo 安装
sudo apt-get install libfftw3-dev
sudo apt-get install fftw3
sudo apt-get install libfftw3
这三个哪个好用。我不太知道。
tar xvf gromacs-5.0.6.tar.gz
cp regressiontests-5.0.6.tar.gz gromacs-5.0.6
cd gromacs-5.0.6
mkdir build
cp ../../sh_run.sh ./
./sh_run.sh
make
make check
sudo make install
sh_run.sh
cmake .. -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DREGRESSIONTESTS_PATH=/home/mm/softs/gromacs/gromacs-5.0.6/regressiontests-5.0.6.tar.gz -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3
/home/mm/softs/gromacs/
是存放文件的目录。
我的cuda是安装在/usr/local/cuda下。
vi ~/.bashrc
# gromacs
GMXHOME=/usr/local/gromacs
export PATH="${GMXHOME}/bin:$PATH"
source ${GMXHOME}/bin/GMXRC.bash
这只是一个参考：http://blog.csdn.net/u011622506/article/details/30460261这是另一个参考：
http://www.somewhereville.com/?p=2070
这还是一个参考http://www.steletch.org/spip.php?article89
页:
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