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标题: 在vmd中，将第一个分子轨迹根据resid 0－148 对齐到第二个分子的resid 3-150 [打印本页]
作者: meatball1982    时间: 昨天 15:41
标题: 在vmd中，将第一个分子轨迹根据resid 0－148 对齐到第二个分子的resid 3-150
两个分子，一个是reference 分子。
另一个，是一个轨迹。
把轨迹中的部分，根据部分原子进行对齐。
在vmd中，将第一个分子轨迹根据　resid 0－148 对齐到第二个分子的resid 3-150 上，
  1. # 定义分子ID（根据实际修改）
  2. set mol1 0  ;# 第一个分子（待移动的轨迹）
  3. set mol2 1  ;# 第二个分子（参考结构）

  5. # 选择对齐的原子组
  6. set mobile [atomselect $mol1 "resid 0 to 148"]
  7. set ref [atomselect $mol2 "resid 3 to 150"]

  9. # 遍历每一帧进行对齐
  10. for {set frame 0} {$frame < [molinfo $mol1 get numframes]} {incr frame} {
  11.     # 更新到当前帧
  12.     $mobile frame $frame
  13.     $ref frame $frame ;# 若mol2是静态结构，可省略此行

  15.     # 计算变换矩阵并应用到整个分子
  16.     set trans_mat [measure fit $mobile $ref]
  17.     set all_mol1 [atomselect $mol1 "all" frame $frame]
  18.     $all_mol1 move $trans_mat
  19.     $all_mol1 delete ;# 清理内存
  20. }

  22. # 清理临时选择
  23. $mobile delete
  24. $ref delete
复制代码






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