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    <title>Mathematica中文论坛-非官方 - MD</title>
    <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=forumdisplay&amp;fid=41</link>
    <description>Latest 20 threads of MD</description>
    <copyright>Copyright(C) Mathematica中文论坛-非官方</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Mon, 03 Aug 2026 19:01:36 +0000</lastBuildDate>
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      <title>Mathematica中文论坛-非官方</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/</link>
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    <item>
      <title>在vmd中，将第一个分子轨迹根据resid 0－148 对齐到第二个分子的resid 3-150</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=907</link>
      <description><![CDATA[两个分子，一个是reference 分子。
另一个，是一个轨迹。
把轨迹中的部分，根据部分原子进行对齐。
在vmd中，将第一个分子轨迹根据　resid 0－148 对齐到第二个分子的resid 3-150 上，[/backcolor]]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Fri, 04 Jul 2025 07:41:20 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>ubuntu install lammps</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=887</link>
      <description><![CDATA[ubuntu install lammps

引用这个帖子。
https://www.cnblogs.com/longfish/p/6815532.html

我不安装fftw
mpi用的是openmpi]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Wed, 19 Mar 2025 01:55:27 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 Lammps ERROR: All pair coeffs are not set</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=879</link>
      <description><![CDATA[这几天在研究Lammps, 新手。遇到一个很普通的问题。

ERROR: All pair coeffs are not set (../pair.cpp:253)[/backcolor]

看了很多的帖子，基本上是说
pair_coeff没有设置完。
比如有两类原子1，2.

你得
pair_coeff 1 1 ****
pair_coeff 1 2 ****
pair_co ...]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Tue, 14 Jan 2025 13:52:16 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>用gaussian 将蛋白质拉伸</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=855</link>
      <description><![CDATA[http://sobereva.com/594

我试了一下，好用。]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Wed, 10 Apr 2024 12:30:16 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 amber trajin trajout last X frames</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=845</link>
      <description><![CDATA[parm ref.pdb 
trajin traj.xtc -500 last

-500 is last 500 frames from trajectory]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Mon, 04 Mar 2024 07:56:48 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑　pdb 2 fasta</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=840</link>
      <description><![CDATA[我有一个pdb文件，我想要它对应的fasta文件。就是序列的文件。


pymol receptor.pdb -c -d [/backcolor]\&quot;save receptor.fasta\&quot;]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Mon, 25 Dec 2023 14:09:59 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 open mm ImportError simtk/openmm/_openmm...</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=826</link>
      <description><![CDATA[在武大的服务器上，之前C老板已经成功跑过了。
重新跑，出问题。
ImportError: /lib/python2.7/site-packages/simtk/openmm/_openmm.so: undefined symbol:
然后一堆其它的。有的人说是不同的openmm版本不知道应该引用哪个。
于是，通过指定python
(之前是2.7)现在 ...]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Fri, 09 Jun 2023 10:49:12 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 vmd make: *** No rule to make target \'install\'.  Stop.</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=781</link>
      <description><![CDATA[以前安装，一点问题没有
今天，出了这个问题，网上一查，还有让你安装一堆东西的帖子。
其实出错信息都告诉你了。


正常安装
./configure
cd src
make install

我把
cd 那一步给忘记了，当然，就没有什么可以install了。
让自己恶心了一下。





 ...]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Sun, 03 Oct 2021 22:36:06 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 TorchMD过程中的小问题</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=775</link>
      <description><![CDATA[根据
https://github.com/PyTorchLightning/pytorch-lightning/discussions/7525

self.hparams.update(hparams)[/backcolor]
或安装一个1.2.9版本的Pytorch_lightning


把filepath 换成dirpath




少package包
https://stackoverflow.com/questions ...]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Thu, 15 Jul 2021 07:13:21 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑  matlab plot energy profile line</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=738</link>
      <description><![CDATA[其实，画能量的拆线，方法很多。

rigin
http://sobereva.com/320

其它工具
http://bbs.keinsci.com/thread-9256-1-1.html


python
https://github.com/giacomomarchioro/PyEnergyDiagrams

效果都不错，只是这种线，不用matlab画一下，总感觉不舒服。
 ...]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Mon, 08 Jun 2020 05:29:29 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 darknet train with yolov3 out of memory</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=736</link>
      <description><![CDATA[https://my.oschina.net/farces/blog/2209462

vi cfg/yolov3.cfg


相当于，之前 是把数据分16份送进去，现在 是分 64份 。每次给的 东西 少 了，memory就够用了 。]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Wed, 03 Jun 2020 06:15:50 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>新款 deepmd</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=718</link>
      <description><![CDATA[QY的号。
source activate dpmd_gpu
dp -h]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Fri, 10 Jan 2020 02:54:39 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 DeepMD</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=712</link>
      <description><![CDATA[跑新款的DeepMD kit的example4.
问题这个多啊。

都是conda安装的。







告诉 
NameError: name \'warnings\' is not defined
我直接把这句给注释了。


找到100line, 加个＃


能跑了。
然后是一个节点4 个GPU，我只想用第3 个。其实是别人已 ...]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Wed, 20 Nov 2019 05:33:28 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 Install ORCA on Mac Mojave</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=693</link>
      <description><![CDATA[I installed  ORCA 4.1 with openmpi 4.0.

download mac version ORCA on 

https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal

orca_4_1_0_macosx_openmpi313.tar.xz

untar  this file, put it to 
/Users/yourname/WhereYouPutYourORCA/
Here  on my mac 
/ ...]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Tue, 25 Dec 2018 02:06:29 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 ubuntu 18.04 install pymol</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=692</link>
      <description><![CDATA[The post I follow:

http://tubiana.me/how-to-install-and-compile-pymol-windows-linux-mac/#opennewwindow

Very nice.]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Thu, 29 Nov 2018 07:42:32 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑　matlab 画势能面</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=689</link>
      <description><![CDATA[别人的问题，记录一下。

这是个记录的帖子：
等我不在这个世界上的时候，希望有人能通过这个帖子的内容，少走些弯路，多学些。


用surf画势能面。分别调整透明程度。
用surf画原子。
用text标注。
设置其它。]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Wed, 21 Nov 2018 01:33:15 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑　vmd 画膜　membrane and protein</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=682</link>
      <description><![CDATA[用VMD画了一个还不错的图。
蛋白质，穿过膜。]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Sat, 29 Sep 2018 14:00:04 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑，vmd 和multiwfn画静电表面</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=680</link>
      <description><![CDATA[要画一个分子的静电表面，用不同的color显示。
根据公社的一个帖子。
要gaussian的chk
multiwfn生成两个cub
用vmd 画出来。]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Thu, 20 Sep 2018 01:27:37 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑　vmd对齐两个分子</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=673</link>
      <description><![CDATA[有两个。一个pdb,一个xyz，拥有的原子个数不一样。但pdb的1-2867和xyz的2867是同类型的原子。
ref.pdb 2867+14
mod.xyz 2867+28000
我们现在想作的工作，是将xyz 的所有原子进行平衡和放置，依据的是xyz的1-2867和pdb的1-2867对齐。
采用的是vmd中的RMSD　Calculato ...]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Fri, 18 May 2018 11:30:27 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>豆粑粑 guassian gjf2pdb</title>
      <link>http://www.ilovemathematica.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=669</link>
      <description><![CDATA[Recently, have to convert gjf into pdb file.



Two ways, 
01
newzmat. 

02 
gjf 2 xyz. 
xyz 2pdb

A toy example.
wat.gjf



01. newzmat
gaussian version should be higher than g09.D01

02.
a script convert gjf to xyz


We got  ...]]></description>
      <category>MD</category>
      <author>meatball1982</author>
      <pubDate>Wed, 02 May 2018 07:55:30 +0000</pubDate>
    </item>
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