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标题: gromacs implict solvent tutorial　隐性水溶液　md　例子 [打印本页]

作者: meatball1982 时间: 2016-2-24 15:19
标题: gromacs implict solvent tutorial　隐性水溶液　md　例子
本帖最后由 meatball1982 于 2016-2-24 15:21 编辑

要看一个结构在隐性的水溶液中是否稳定.
在真空中不稳定,
在水中稳定.

pdb2gmx -f a.pdb -ff charmm27 -water none -ignh
editconf -f conf.gro -d 2 -bt cubic -c -o conf_box.gro
grompp -f em.mdp -c conf_box.gro -o em.tpr
mdrun -deffnm em -v
grompp -f md.mdp -c em.gro -o md.tpr
mdrun -deffnm md -v

复制代码

注意:
grompp -f em.mdp -c conf_box.gro -o tm.tpr

这一步最小化虽然不是必需,但最好还是作一下.有些大的结构中的部分H健并不合理.最好em一下.
需要的文件,都放在附件中.

我的gromacs VERSION 5.0.4

rep_files.tar

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需要的文件

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