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标题: 豆粑粑 guassian gjf2pdb [打印本页]
作者: meatball1982    时间: 2018-5-2 15:55
标题: 豆粑粑 guassian gjf2pdb
本帖最后由 meatball1982 于 2018-5-2 16:11 编辑

Recently, have to convert gjf into pdb file.



Two ways,
01
newzmat.

02
gjf 2 xyz.
xyz 2pdb

A toy example.
wat.gjf

  1. % nproc=8
  2. % mem= 12GB

  4. # mp2/6-31+G*

  6. wat

  8. 0,1
  9. O                  -0.00000   0.00000   6.84784
  10. H                  -0.78400   0.00000   6.29384
  11. H                   0.78400   0.00000   6.29384

复制代码


01. newzmat
  1. newzmat -icart wat.gjf -opdb wat.pdb
复制代码
gaussian version should be higher than g09.D01

02.
a script convert gjf to xyz


We got a xyz file

  1. ./sh_gjf2xyz.sh wat.gjf
复制代码
  1. 3
  2. 0,1
  3. O                  -0.00000   0.00000   6.84784
  4. H                  -0.78400   0.00000   6.29384
  5. H                   0.78400   0.00000   6.29384
复制代码


Then, with babel

  1. babel -ixyz wat.xyz  -opdb wat.pdb
复制代码


a pdb file

  1. COMPND    0,1
  2. AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.4.1
  3. HETATM    1  O   HOH     1       0.000   0.000   6.848  1.00  0.00           O  
  4. HETATM    2  H   HOH     0      -0.784   0.000   6.294  1.00  0.00           H  
  5. HETATM    3  H   HOH     0       0.784   0.000   6.294  1.00  0.00           H  
  6. CONECT    1    2    3                                                
  7. CONECT    2    1                                                      
  8. CONECT    3    1                                                      
  9. MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0    3    0    3    0
  10. END
复制代码

If you got problem about the script, please feel free to contact me
meatball1982
meatball1982@163.com






wat.gjf.gz

115 Bytes, 下载次数: 0

sh_gjf2xyz.sh.gz

429 Bytes, 下载次数: 0

sh_gjf2xyz.sh.gz

429 Bytes, 下载次数: 0



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